Sous-traitance du CIR : agrément, plafonds 2/10 M€ et régime 2022

La sous-traitance du CIR — les travaux de recherche que vous confiez à un prestataire extérieur — n’ouvre droit au crédit d’impôt que si ce prestataire est agréé par le ministère chargé de la recherche (MESR) et que ses factures respectent deux limites : 3 fois le montant de vos autres dépenses de R&D, puis un plafond global de 2 M€ (s’il existe un lien de dépendance) ou 10 M€ (sans lien de dépendance).

Depuis le 1ᵉʳ janvier 2022, le régime est unifié entre sous-traitants publics et privés : l’ancien avantage « public » (doublement d’assiette et majoration de plafond) a été supprimé. La base légale actuelle est le d bis du II de l’article 244 quater B du CGI — l’ancien « d », qui régissait les organismes publics, est abrogé.

Ce qu’est la sous-traitance éligible au CIR

Vous pouvez intégrer dans votre assiette CIR les dépenses correspondant à des opérations de recherche confiées à un prestataire extérieur — un organisme de recherche public ou privé, ou un expert scientifique et technique. Le BOFiP parle de « dépenses externalisées ».

Deux conditions de fond commandent l’éligibilité :

• les travaux confiés doivent eux-mêmes correspondre à de véritables opérations de R&D éligibles — mêmes critères que la recherche interne : nouveauté, levée d’un verrou scientifique ou technique. La qualification s’apprécie sur la nature des travaux réalisés, pas sur la seule identité du prestataire ;
• les opérations doivent être « réalisées directement » par l’organisme agréé auquel elles sont confiées (règle applicable aux dépenses exposées depuis le 1ᵉʳ janvier 2020).

Ces critères de fond rejoignent ceux détaillés dans le guide des conditions d’éligibilité du CIR.

L’agrément MESR : condition centrale

Pour que vos factures de sous-traitance ouvrent droit au CIR, le prestataire doit détenir un agrément CIR délivré par le ministre chargé de la recherche (MESR). C’est le pivot de toute la sous-traitance agréée : un sous-traitant non agréé rend les dépenses inéligibles, quelle que soit la qualité scientifique des travaux.

Depuis le 1ᵉʳ janvier 2022, cette obligation vaut pour tous les organismes — publics, assimilés publics et privés — ainsi que pour les experts scientifiques et techniques. Auparavant, seuls les organismes privés devaient être agréés ; les organismes publics en étaient dispensés. Cette dispense a disparu.

Pour un organisme établi dans l’Union européenne ou l’Espace économique européen, l’agrément peut être délivré soit par le ministre français chargé de la recherche, soit par l’entité compétente de l’État membre concerné, à condition que cet État ait conclu avec la France une convention d’assistance administrative.

Cette exigence de localisation vaut plus largement : la R&D réalisée hors de l’UE ou de l’EEE n’ouvre pas droit au CIR, même lorsqu’elle est menée par vos propres équipes.

L’agrément est en principe délivré pour 3 ans, durée ramenée à 1 an lorsque l’organisme ou l’expert n’a réalisé aucune opération de recherche au cours des douze mois précédant la demande. La procédure de demande et de renouvellement, ainsi que le calendrier de dépôt, sont fixés chaque campagne par le MESR : reportez-vous au guide de l’agrément CIR et à la page officielle du ministère pour les dates en vigueur.

Régime unifié depuis 2022 : la fin du « doublement public »

Deux lois de finances ont réformé la sous-traitance, avec effet sur les dépenses exposées à compter du 1ᵉʳ janvier 2022 :

• la loi de finances pour 2020 (art. 132) a imposé la réalisation « directe » des travaux et généralisé l’agrément à tous les organismes, y compris publics ;
• la loi de finances pour 2021 (art. 35) a supprimé le doublement d’assiette — la prise en compte des dépenses de sous-traitance publique pour le double de leur montant — ainsi que la majoration de plafond de +2 M€ dont bénéficiait la sous-traitance publique.

Conséquence pratique : depuis le CIR 2022, la sous-traitance à un organisme public agréé et à un organisme privé agréé est traitée de façon identique, au coût réel facturé et sous les mêmes plafonds. Le juridisme utile à retenir : le régime figure désormais au II, d bis de l’article 244 quater B ; l’ancien « d », propre aux organismes publics, est abrogé. Certaines sources anciennes citent encore « le d » : c’est un réflexe à corriger.

Les plafonds de la sous-traitance en 2025-2026

Deux limites se combinent, dans cet ordre.

a) La limite proportionnelle « 3× ». Les dépenses de sous-traitance ne sont retenues que dans la limite de trois fois le montant total des autres dépenses de recherche ouvrant droit au crédit d’impôt. Cette limite s’applique avant le plafond en valeur absolue.

b) Le plafond global en valeur absolue. Une fois la limite 3× appliquée, les dépenses de sous-traitance sont plafonnées à :

• 2 M€ par an s’il existe un lien de dépendance entre le donneur d’ordre et le sous-traitant, au sens du 12 de l’article 39 du CGI ;
• 10 M€ par an en l’absence de lien de dépendance.

Le plafond de 2 M€ est inclus dans celui de 10 M€ : il ne s’y ajoute pas.

Depuis 2022, ces plafonds sont identiques que le sous-traitant soit public ou privé. Pour l’articulation avec le plafond général du CIR et le calcul d’ensemble, voyez le guide du montant du CIR.

Cascade, forfait et double comptage : les points de vigilance

La cascade est limitée au 2ᵉ rang. Un prestataire de 1ᵉʳ rang agréé peut faire appel à d’autres organismes agréés (2ᵉ rang) pour réaliser certains travaux indispensables. Mais si ces prestataires de 2ᵉ rang re-sous-traitent à leur tour (3ᵉ rang), la quote-part refacturée au titre de ces travaux n’est pas prise en compte dans votre assiette CIR. L’objectif est d’éviter le comptage multiple d’une même dépense le long d’une chaîne de sous-traitance.

Aucun forfait de fonctionnement sur la sous-traitance. Le forfait de fonctionnement (40 % des dépenses de personnel + 75 % des dotations aux amortissements) est calculé uniquement sur la R&D interne — personnel et amortissements. Les dépenses de sous-traitance entrent dans l’assiette pour leur seul montant facturé, dans les limites 3× puis 2/10 M€, sans forfait additionnel.

Pas de double emploi. Le sous-traitant agréé doit déduire de sa propre assiette CIR les sommes reçues au titre des travaux réalisés pour votre compte, afin d’éviter que la même dépense soit valorisée deux fois.

Ces trois mécanismes sont des points de contrôle classiques. L’administration vérifie aussi la réalité de la R&D sous-traitée (démarche scientifique et moyens propres du prestataire, et non une simple prestation technique) et la validité de l’agrément à la date des travaux. Côté donneur d’ordre, un dossier justificatif solide est indispensable ; le guide du contrôle fiscal du CIR détaille ces vérifications.

Résumé : sécuriser sa sous-traitance CIR

Trois réflexes suffisent à éviter l’essentiel des redressements : vérifier que chaque sous-traitant est agréé MESR pour la période concernée, appliquer les deux limites dans le bon ordre (3× puis 2 ou 10 M€), et documenter la réalité de la R&D confiée. Le « doublement public » et le plafond de « 12 M€ » appartiennent à l’ancien régime : ils n’ont plus cours depuis 2022.

Chez Cireka, nous commençons par qualifier si les travaux — internes comme sous-traités — relèvent réellement de la R&D, puis nous bâtissons une assiette défendable avant de vous mettre en relation avec le bon partenaire conseil. Une sous-traitance bien agréée et bien plafonnée est une part de CIR qui survit au contrôle fiscal.