Un crédit d’impôt se déduit de l’impôt calculé ; si son montant excède l’impôt dû, « le surplus (ou la totalité si vous n’êtes pas imposable) donne lieu à remboursement » (impots.gouv.fr). C’est la distinction clé avec la réduction d’impôt : pour cette dernière, « si le montant de la réduction d’impôt est supérieur à l’impôt initialement dû, ce dernier sera ramené à 0 € mais vous n’aurez pas de remboursement ». La réduction ne peut donc jamais faire descendre l’impôt sous zéro ni générer un remboursement, tandis que le crédit d’impôt se transforme en créance restituable sur l’État. Il faut aussi distinguer la simple déduction, qui réduit la base imposable (le résultat taxable) et non l’impôt lui-même.
Le Crédit d’impôt recherche est un crédit d’impôt : l’excédent non imputé constitue une créance sur le Trésor, restituée au bout de 3 ans, et immédiatement pour certaines entreprises (PME, JEI, entreprises nouvelles ou en difficulté), comme détaillé dans le remboursement du CIR. Le crédit d’impôt innovation obéit à la même mécanique de restitution.
Source : impots.gouv.fr — réduction vs crédit d’impôt ; BOFiP, BOI-IS-RICI-30-10-20-20.